本中心係「國家長期科學發展委員會」（簡稱「長科會」，科技部、國科會之前身）於1965年7月1日設立，全銜為「長科會數學研究中心」，由國立臺灣大學數學系主辦，中央研究院數學研究所及國立清華大學數學系協辦。「長科會」改組為「國科會」後，中心全銜隨之更改。

7月1日為配合當時科技發展需要，將中心之組織功能酌予調整，取消協辦單位。

依照「國科會科學研究推動中心設置要點」再改為「數學研究推動中心」，至1994年6月底之前，中心皆設址於國立臺灣大學

7月起，將中心轉移至中央研究院數學研究所。本次變革建立一個新的慣例，也就是每兩年中心的執行狀況，將由自然處諮議委員會評估（民國85年7月起，改為每3年評估一次）。成效良好者可繼續執行，否則可以變動主持單位。

3月「國科會」改組為「科技部」，中心全銜更改為「科技部自然司數學研究推動中心」。

中心全銜更改為「科技部自然司科學推展中心數學組」

中心全銜更改為「國科會自然處科學推展中心數學組」